文字列を局所アラインメントするプログラムを作成せよ．
Implement an algorithm for local alignment of strings.
原理 Principal
資料 (in japanese)．
課題
(1) スコア行列に Blosum スコア行列 もしくは PAM250 スコア行列 を使って，次の２つのアミノ酸配列を局所アラインメントせよ．ただし，文字 F, J, O, U は X に置き換えてから解析すること．
Perform alignment of the following two amino-acid sequences by using the Blosum matrix or the PAM250 matrix as a score matring among letters.
- PRIATEIDIDHAVEARELATIONSHIPWITHYFDLSHGSAQVKGHGKKVALEWINSKYTHATWASNOTAPPRO
- SFDLSTPDAVMGNPKVKGHGKKVL
(2) 局所アラインメントを使った何らかの解析を行え．
Apply alignment to some analysis.
例：何らかの文字列(たとえば TSUYOSHI)を選び，アミノ酸配列群から局所アラインメントの値が高いものベスト５を示せ．
ただし，文字 F, J, O, U は X に置き換えてから解析すること．
Example: Choose some string, and show the best five matches from this set of amino-acid sequences.
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