文字列をアラインメントするプログラムを作成せよ．
Implement an algorithm for global alignment of strings.
期限・提出方法 How to submit
提出方法は後日通知する．
It will be informed later.
原理 Principal
資料 (in japanese)．
課題
You will be informed what have to be written in your report. The following is a tentative plan.
(1) スコア行列に Blosum スコア行列 を使って，次の２つのアミノ酸配列をアラインメントせよ．
Perform alignment of the following two amino-acid sequences by using the Blosum matrix as a score matring among letters.
- YFDLSHGSAQVKGHGKKVA
- SFDLSTPDAVMGNPKVKGHGKKVL
(2) アラインメントを使った何らかの解析を行え．
Apply alignment to some analysis.
例：何らかの文字列(たとえば tsuyoshi)を選び，この単語リスト中から近いものベスト５を示せ．余裕があれば，発音が似ているものがベスト５に入るようにスコア関数を試行錯誤する，とか，読み間違いやすいものがベスト５に入るようにスコア関数をいじる，など工夫の仕方がある．
Example: Choose some string, and show the best five matches from this word list.
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